基础医学部于2000年获批免疫学二级学科硕士学位授权点，并于同年开始招收硕士研究生，2011年获批一级学科硕士学位授权点，下设8个方向，分别是：人体解剖学与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学、医学遗传学与细胞生物学、医学生理学与生物化学。各方向师资队伍实力雄厚，现有60名硕士研究生导师，每年稳定招收约50名硕士研究生，具体为人体解剖学与组织胚胎学6人，免疫学4人，病原生物学12人，病理学与病理生理学6人，法医学4人，放射医学2人，医学遗传学与细胞生物学10人，医学生理学与生物化学6人。加强教学自我管理，夯实教学质量管理工作，我院“青藏高原多民族地区医学机能实验平台搭建及实验教学改革与创新实践研究”获得青海省教学成果奖二等奖。目前在校在读硕士研究生共136名，其中2021级49名，2022级42名，2023级45名。在读研究生同学在校期间严格遵守校纪校规，无一位同学受到处分，每年都有获得国家奖学金及优秀毕业生的同学。近5年研究生在外文期刊上发表高水平论文约20余篇，发表核心论文超过百篇，毕业生就业率每年都能达到100%，已毕业学生大部分进入医疗卫生单位工作，献身于医疗事业，为医学事业的发展添砖加瓦。